Después de asistir al Gymnasium de Gotha, estudió en las universidades de Jena (1709-1714) y Leipzig. El 9 de agosto de 1720 sucedió a J. G. Vogler como organista en la Neukirche en Leipzig y director del Collegium Musicum de la ciudad. Después de la muerte de Johann Kuhnau (5 de junio 1722), Schott postuló para el puesto de éste como Kantor en la Thomaskirche de Leipzig. Como parte del proceso de selección interpretó cantatas el 29 de noviembre de 1722 (en la Neukirche) y 2 de febrero de 1723. El puesto, sin embargo, fue para Johann Sebastian Bach, que comenzó sus funciones el 16 de mayo de 1723. Durante varios años siguientes Schott sustituyó a Bach, incluyendo posiblemente cuatro semanas consecutivas en el verano de 1725.

El Collegium de Schott también puede haber participado en interpretaciones de cantatas profanas de Bach durante esos años.  La posición de Schott en la Neukirche era no del todo ideal: su sueldo era de sólo 50 thaler (Bach ganaba más de diez veces esta cantidad) y cuando en julio de 1723 solicitó un aumento, el ayuntamiento simplemente le advirtió que prestara más atención al órgano de la iglesia, que había sido recientemente renovado. Pero, como escribió Bach, "el querido Señor proveyó para el honesto Sr. Schott', y en marzo de 1729 regresó a su nativa Turingia para convertirse en Kantor en Gotha, una posición que mantuvo hasta su muerte. Como muestra de su reconocimiento, el ayuntamiento de la ciudad de Leipzig le concedió 24 Thaler como regalo de despedida. Luego de la partida  de Schott, Bach 'voluntariamente' asumió la dirección del Collegium y se nombró a C. G. Gerlach organista de la Neukirche.

Schott debe haber compuesto numerosas obras, pero ninguna ha sobrevivido. En Gotha y Leipzig interpretaba piezas (todas presumiblemente de su propia composición) en honor de la familia real sajona. Una de estas obras fue el 'drama' "Der richtende Paris", que el Collegium de Leipzig interpretó en 1722 en homenaje a María Josepha en su primera visita a Leipzig. Otra fue la oda "Landesvater! Held August!", con texto del profesor de Leipzig J. C. Gottsched, interpretada por el conjunto en 1728 para celebrar el cumpleaños de Augusto el Fuerte. De la música de Schott para la Neukirche, existe documentación solamente de dos cantatas de Pentecostés, "Du unbegreiflich höchstes Gut" y "Komm heiliger Geist, heiliger Gott"